Фільм знятий за мотивами комп'ютерної гри «Assassin's Creed», яка завоювала шалену популярність у всьому світі і стала одним з найуспішніших творінь сучасної комп'ютерної індустрії. Сюжет фільму, так само як і гри, заснований на багатовіковому безкомпромісному протистоянні Ордена тамплієрів і Братства Ассассін.
Після того як його офіційно стратили, Каллум Лінч, небезпечний злочинець-рецідевіст, раптово приходить до тями в таємній лабораторії, де його ставлять перед фактом, що для всього світу він офіційно перестав існувати. Лінча змушують взяти участь в науковому експерименті, помістивши його Анимус - спеціальну машину, яка зчитує генетичну пам'ять людини, шляхом розшифровки його ДНК, і проектує її в 3D, при цьому змушуючи піддослідного пережити і випробувати на собі всі спогади предка. Завдяки анімусом, наш герой отримує можливість пережити події, які відбувалися з його предком Агілар - таємничим ассассина, що жив близько п'ятисот років тому в Іспанії за часів розквіту іспанської інквізиції. Завдяки так званому «ефекту просочування» разом зі спогадами до Линчу приходять унікальні навички ведення бою, якими володів смертоносний предок. І тепер нашому героєві потрібно буде продовжити одвічну боротьбу з Орденом тамплієрів, які існують у сучасному світі у вигляді могутньої високотехнологічної корпорації.